ENCODE Mapping Center-A Comprehensive Catalog of DNase I Hypersensitive Sites

ABSTRACT    The  overall  mission  of  this  Mapping  Center  is  to  create  and  disseminate  open  access,  comprehensive,  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  DNase  I  hypersensitive  sites  (DHSs)  in  the  human  and  mouse  genomes,  at  previously  unattainable  levels  of  cellular  and  anatomical  definition.

Regulatory  DNA  is  actuated  in  an  exceptionally  state-­specific  manner;?  accordingly,  achieving  a  comprehensive  map  of  DHSs  necessitates  the  interrogation  of  an  expansive  and  finely  partitioned  range  of  cell  and  tissue  samples.

Progressive  technical  improvements  and  recent  innovations  have  resulted  in  dramatic  (>100x)  decreases  in  requisite  input  biological  sample  quantities  coupled  with  equally  dramatic  (>100x)  increases  in  assay  throughput, and corresponding decreases in the incremental cost of generating reference-­quality  DHS maps.

These advances have in turn opened the possibility of systematically addressing all  well-­defined  physiologically  and  disease-­relevant  anatomic  and  cellular  compartments.

Four  major Specific Aims are targeted: (1) To create open access, comprehensive high-­quality, high-­ resolution reference maps of human DNase I hypersensitive sites;? (2) To create and disseminate  comprehensive  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  mouse  DNase  I  hypersensitive  sites;?  (3)  To  maintain  and  disseminate  reference  indices  of  DNase  I  hypersensitive  sites  and  footprints in the human and mouse genomes;? and (4) To enable large-­scale intake of Consortium  and Community samples for high-­quality, high-­throughput DHS mapping.